Mikroorganismy jsou všudypřítomné v prostředí a doprovázejí člověka od pradávných dob, neboť jsou vývojově mnohem starší formou života. Přestože jsou v porovnání s člověkem velmi malé a strukturně jednoduché, jsou z evolučního hlediska úspěšnou skupinou, která se umí rychle přizpůsobovat měnícím se podmínkám. Je obdivuhodné, že si přes své stáří a schopnost se adaptovat ponechaly svou jednoduchost. Lidé mají tendenci mikroorganismům přisuzovat hlavně jejich negativní působení na organismus coby původci nejrůznějších infekčních onemocnění, někdy smrtelných. Až s objevem penicilinu nastala po 2. světové válce éra antibiotik, která znamenala zásadní průlom v léčbě řady závažných infekčních onemocnění. Dalším významným milníkem bylo zavádění vakcinace. Od té doby již lidé po celém světě neumírali na běžné infekce. To ovšem neznamená, že by mikroorganismy ztratily pro člověka klinický význam. I v dnešní době se objevují nové tzv. emergentní patogeny, které představují zdravotní hrozbu nejen pro obyvatele rozvojového světa. Významným problémem současnosti jsou tzv. nozokomiální infekce, tedy infekce spojené s pobytem ve zdravotnických zařízeních a také stále narůstající výskyt rezistence na antimikrobní látky. Proto je stále aktuální hledání nových léků s antimikrobním účinkem, kdy na jejich vývoji a testování spolupracují lékařští mikrobiologové s farmaceuty a chemiky. Ale mikroorganismy nemají jen negativní význam coby původci onemocnění. Jsou běžnou součástí prostředí všude kolem nás. Současné chápání jejich role v přírodě je velmi široké a zahrnuje vztahy mezi různými mikroorganismy, mikroorganismy a člověkem, zvířaty a okolním prostředím, které zdaleka nejsou jen negativní. Řada z nich je využívána jako producenti nejrůznějších bioaktivních látek, ať už jsou to antibiotika nebo vitamíny a jsou hojně využívány v potravinářském průmyslu. Dokonce se u některých zástupců zkoumá schopnost produkovat látky, které jsou využitelné jako biopaliva.