České rybníky jsou světový unikát. Stojí však na rozcestí. Jsou ovlivněny intenzivním obhospodařováním i faktory ovlivňujícími okolní krajinu. Komplexní sledování změn rybničních ekosystémů a jejich společenstev je z mnoha důvodů jen obtížně proveditelné. Nabízí se zde ale možnost využití druhů s vhodnými indikačními vlastnostmi. Vhodnou modelovou skupinu pro sledování těchto změn představují vodní ptáci, jejichž výhodou je značně rozvinutá propracovanost metod zjišťování jejich početnosti a sledování populační dynamiky i reprodukčních parametrů. Od konce 19. století jsou na našem území doloženy rozsáhlé změny v populacích vodních ptáků, do nichž se se promítly změny trofické situace rybníků; představujících nejvýznamnější hnízdní prostředí vodních ptáků na území České republiky. Výrazné změny početnosti nastaly po roce 1980, kdy byl pokles početnosti hnízdních populací zaznamenán u 17 z 27 druhů vodních ptáků. Hlavním faktorem ovlivňujícím populační změny jednotlivých druhů je jejich potravní specializace. Pokles početnosti byl zaznamenán u všech druhů živících se bezobratlými živočichy. Tento pokles vede téměř až k zániku lokálních populací některých zvláště chráněných druhů (např. čírka obecná, čírka modrá, lžičák pestrý, potápka černokrká). V letech 1981 až 2023 poklesla celková početnost hnízdních populací vodních ptáků na méně než 25 % původního stavu. Tato situace je důsledkem dosavadního způsobu obhospodařování rybníků. Vodní ptáci (zejména bentofágní a invertivorní druhy) jsou vystaveny konkurenci početných rybích obsádek, které představují potravní konkurenci a podílejí se i na přímé devastaci hnízdního prostředí. Alternativu představuje využití bezkaprových rybích obsádek se zastoupením lína, bílé ryby a štiky. V takových podmínkách dochází ke zvýšení druhové diverzity bezobratlých živočichů a následně i vodních ptáků, ke zvýšení i stabilizaci reprodukční úspěšnosti vodních ptáků, vč. bentofágních potápivých kachen. Jiným problémem je nedostatek hnízdních příležitostí. V tomto případě lze na základě výsledků projektu doporučit vhodný management vegetace hnízdních ostrůvků a podporu hnízdních kolonií racka chechtavého. Zajímavým řešením, které umožňuje zvýšení reprodukční úspěšnosti vodních ptáků jsou umělé plovoucí ostrůvky.