V současné době je hlavním ohrožením pro zvláště chráněné druhy ptáků a netopýrů ve městech hektické zateplování a rekonstrukce budov. Paradoxně se tak jeden zájem ochrany životního prostředí na snižování energetické náročnosti budov dostává do konfliktu s jiným zájmem na druhovou ochranu (která je obecně nejvyšším zájmem v koncepci ochrany životního prostředí). Jako vlajkový druh této problematiky je dlouhodobě vnímán rorýs obecný (Apus apus), který je hnízděním prakticky absolutně vázán nejen na panelovou, ale i starší cihlovou zástavbu měst. Kvůli této silné vazbě ale vlivem překotného zateplování a rekonstrukcí během posledních cca 20 let poklesla populace rorýsů v ČR odhadem o desítky procent (nejoptimističtější odhady uvádějí poklesy okolo 50 - 70%). Česká společnost ornitologická (ČSO) ve spolupráci s Českou společností pro ochranu netopýrů (ČESON) se touto problematikou zabývá již více jak deset let, za tuto dobu se v ČR podařilo prosadit mnoho systémových nástrojů a postupů ochrany rorýsů, netopýrů i dalších chráněných druhů od úrovně celorepublikové i místní státní správy, přes realizační stavební firmy až po vlastníky objektů. Díky spolupráci s mnoha dobrovolníky z řad členů ČSO, ČESON i široké a odborné veřejnosti (MŽP, SFŽP, ČIŽP, krajské úřady, ČKAIT, Cech pro zateplování budov a další) se postupně podařilo prosadit systémová opatření, díky kterým začala fungovat ochrana synantropních druhů plošně v měřítku, které mnohonásobně překračuje naše kapacity. Nejkomplexnějším projektem ochrany synantropních druhů v rámci regionu střední Moravy pak byl společný projekt ČSO a ČESON „Pod jednou střechou“, který probíhal v letech 2012 – 2014 a jehož udržitelnost skončila v letošním roce. Nejnovějším a velmi účinným nástrojem ochrany cílových druhů, který se podařilo díky dlouhodobému úsilí prosadit, jsou pak od r. 2015 finanční nástroje dotačních titulů OPŽP, Nová zelená úsporám a IROP, kde je praktická ochrana cílových druhů podmínkou získání dotace na energetické úspory budov.